La mission de Biopterre est la suivante : « Par l’innovation, accroître la compétitivité des entreprises du domaine des bioressources et, conséquemment, contribuer au développement régional. »
À titre de centre collégial de transfert de technologie, Biopterre offre des services de recherche appliquée et de transfert de technologie, d’aide technique et d’information. Il intervient dans le domaine des bioressources.